«Copa Libertadores de América 1996» (en inglés). A inicios de 2004, Santos disputó el torneo Interliga, un torneo creado por la FEMEXFUT y que se disputó en territorio estadounidense, en busca de un lugar en la Copa Libertadores de América. Se adjudicó el 5.º lugar del torneo y la Copa «Sucre»». Los Guerreros debutaron en la Copa de Campeones de 1995 dónde fueron eliminados en la segunda ronda ante el Deportivo FAS de El Salvador. Con gran nivel, Benítez contribuyó bastante, logrando que los guerreros tuvieran un gran rendimiento, ligando cuatro victorias y se colocaran en el tercer lugar de la tabla. En el Torneo Invierno 2000, los Guerreros consiguieron el pase a la liguilla en sexto lugar general con Jared Borgetti como goleador del campeonato con 18 goles. En el Torneo Verano 2000, se fichó al chileno Rodrigo Ruiz y al paraguayo Luis Romero. Cristián Castañeda, Rodrigo Barrera, Rafael Olarra, Ricardo Rojas, Ronald Fuentes, Roberto Rojas, Pablo Galdames, Luis Musrri, Diego Rivarola, Emiliano Rey, Esteban Valencia y Flavio Maestri, entre otros, todos bajo la dirección técnica de César Vaccia. En este torneo Matías Vuoso consiguió el campeonato de goleo con 15 tantos y Rodrigo Ruiz igualó su récord de pases para gol con 11 asistencias.
Antes de iniciar el Torneo Apertura 2006, Matías Vuoso fue vendido al América. Para el Torneo Apertura 2012, Santos Laguna fichó a Édgar Gerardo Lugo y Oswaldo Alanís. También, con la finalidad de reducir la nómina, el club traspasó a los futbolistas Hérculez Gómez, Gerardo Lugo y Aarón Galindo. En 1991 el Grupo Modelo se volvió socio mayoritario del club. QUe se lo digan a los aficionados del Atlético de Madrid con su cambio de diseño en el escudo (ver aquí). 4 partidos, empatando 1 y perdiendo 1; entre ellos una victoria histórica en el Estadio Centenario por 0-2 jugando contra Peñarol, más tarde fue eliminado en octavos de final por el Club Atlético Lanús de Argentina. En el caso de la aprobación de la búsqueda de financiación de hasta 1.500 millones de euros para la construcción del Espai Barça, la victoria fue aplastante. Italia pues, defensora del título, se clasificó de oficio, y tras no poder conseguirlo Uruguay, tendrían el reto de conseguir revalidar el campeonato.
Sin embargo, cayeron de nuevo en su intento de llegar al juego de Campeonato. Santos inició el campeonato con cuatro derrotas y tres empates, lo que provocó que Graniolatti fuera cesado y entonces Daniel Guzmán se hizo cargo de la dirección técnica. Gabriel Caballero consiguió el primer campeonato de goleo para la institución con doce goles, junto con Lorenzo Sáez. El jugador se retiró de la institución en la cual jugó la mayoría de su carrera con 11 títulos oficiales y 94 goles en 275 encuentros disputados. Tras esto, la PGR aseguró al club, Carlos Ahumada fue desligado de la institución y la FEMEXFUT designó a Carlos Fernández como administrador provisional del equipo. León perdiendo el partido de ida 3-1 y empatando el de vuelta 2-2, así el equipo perdió la oportunidad de llegar a la final por el título. En la final el Santos enfrentó a Monterrey, en la ida terminó 3-2 favor del equipo local, en la vuelta el partido terminó con un contundente 3-0 a favor del Monterrey, perdiendo así su segunda final consecutiva. El equipo tuvo una leve mejora en comparación a su primer torneo, pero de igual forma terminaron en los últimos lugares de la tabla general.
En este torneo Santos fue el equipo más goleador con 36 tantos en la temporada regular y consiguió el subliderato general. Al final, entre lesiones, los problemas legales de Ahumada y el cansancio por la disputa de dos torneos al mismo tiempo, el equipo terminó con 21 puntos, en el lugar 14 de la tabla general. El equipo alemán de Red Bull, RB Leipzig, apuesta este año por un diseño mucho más llamativo. El partido del Villamarín provocó el enfado monumental de Bordalás quien, en la rueda de prensa previa al derbi, no ocultó su disgusto: «Este no es el Valencia que queremos ver, ni yo ni nadie». El Torneo Invierno 1996 fue el primer torneo corto del fútbol mexicano. El Torneo Invierno 1997 fue uno de los peores torneos de la institución, solo ganó tres partidos de los 17 disputados, además, fue último de la tabla clasificatoria empatado con la UNAM y Tecos de la UAG. En la temporada 1991-92, Rubén Matturano regresó a la institución, el equipo se mantuvo irregular como sus temporadas pasadas y a siete jornadas de finalizar la temporada, Matturano fue sustituido por Ignacio Jáuregui. Esta misma temporada, el joven Ramón Ramírez hizo su debut en Primera División, marcándole al Club Deportivo Guadalajara.
Para la temporada 1994-95, el fichaje de Ramón Ramírez por el Guadalajara, dejó al club sin uno de sus mejores jugadores. El neerlandés ha mantenido una tremenda regularidad, siendo una de las revelaciones de este arranque de temporada. Durante la temporada regular solo perdió dos partidos y se posicionó segundo de la clasificación detrás del Toluca, así clasificó a la liguilla por quinta ocasión. Se dijo que el libro fue escrito por cada miembro del grupo por tres meses. Los nuevos propietarios del club confirmaron que grupo Modelo seguirá rigiendo como patrocinador tanto del club como del complejo deportivo. Consejo de Ministros el expresidente de Canarias, quien cree que «la desgracia» del volcán va a durar «muchos años». En los últimos años ha sido interpretado por reconocidos cantantes como Joan Manuel Serrat, con motivo de diferentes actos como la conmemoración del centenario del club. Benítez se convirtió en el goleador del certamen con catorce tantos.