La mala campaña inicial implicó la salida de Meneses y la contratación de Jorge Garcés. O’Higgins logra la segunda mejor campaña de su historia empatando en el tercer lugar con Huachipato, quedando detrás de Unión Española y Colo-Colo. En tal edición O’Higgins integró el grupo 5 junto a Colo-Colo y los paraguayos Sol de América y Cerro Porteño. En el Torneo Clausura 2007, el equipo realiza una buena campaña, que lo ubica primero en su grupo. Palestino y Cobreloa. Esto le permitió acceder a la Liguilla Pre-Libertadores, que ganó en un partido de desempate frente a Unión Española, equipacion ajax para así clasificar a la Copa Libertadores de América por primera vez en su historia. Según las estadísticas de la clasificación mundial de clubes realizada por la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol (IFFHS), O’Higgins se encuentra en la 95º posición con 132,0 puntos como el tercer mejor club chileno.
Esta tragedia es el peor desastre que ha ocurrido en la historia del fútbol chileno y dentro de las más tristes a nivel mundial. San Lorenzo cuenta con 22 títulos oficiales, es el cuarto equipo más ganador de la historia del profesionalismo y el quinto si contamos los torneos amateurs. Bajo este contexto llegó el fin de una de las mejores etapas de la historia del club. En Intersport hemos creído oportuno desarrollar tu espíritu deportivo con una colección fresca y radiante repleta de sudaderas, mallas estampadas y zapatillas de varios colores. O’Higgins realiza una pésima campaña, a pesar de contar en su plantel, con jugadores como Gerardo Martino, Carlos Poblete, Ariel Cozzoni, Roque Burella, Fernando Calcaterra y Clarence Acuña. Para 2009 llegaron jugadores como César Taborda, Albert Acevedo, Fernando Meneses y Samuel Teuber. Esto fue rechazado, pese a que los directores cupríferos ofrecieron los mejores jugadores del país y algunas figuras del extranjero de la época.
En aquella época, la FIBA se ocupaba de jugadores aficionados. Además, el club tiene el respaldo de varias agrupaciones de aficionados que hacen las veces de peña, sin llegar a estar oficializadas. Este torneo se reemplazó en 2005 por la Copa Mundial de Clubes de la FIFA, que además recibie a los campeones de las demás confederaciones. Abajo, en una estructura pentagonal se distribuyen tres franjas verticales, una blanca, otra verde y otra amarilla, que recuerdan los colores de los antiguos clubes Instituto O’Higgins, Braden y América de Rancagua respectivamente. Igualmente debido a las victorias mundialistas de 1976, 2001, 2013 y 2020, camiseta inter de milan 2022 pertenece al grupo de los únicos veintinueve clubes en el mundo que han ganado el máximo campeonato de clubes de fútbol a nivel mundial. En Rancagua se realizaron 3 días de luto regional y en canchas de Chile y en otros lugares del mundo se realizaron minutos de silencio. En la Liguilla de Promoción se enfrentó a Deportes Melipilla, y con resultados de 1-0 en Rancagua y 3-3 en Melipilla, asegura el retorno a la Primera División después de 4 años.
Atilio Marchioni marcó el empate para O’Higgins, que permitió a la celeste volver a Primera. En 1992, luego de que asuma la conducción técnica Manuel Pellegrini, el club llega a la liguilla de Copa Libertadores, por tercer año consecutivo, pero cae a manos de Universidad Católica, equipo que finalmente fue el clasificado. En cuartos de final fue eliminado a manos de Unión Española. Finalmente el equipo de Sampaoli no pudo sobrepasar los cuartos de final. Pese a ello, el equipo ganó la Copa Apertura de Segunda División o Copa Polla Lan Chile, que representaba la Copa Chile en la Segunda División. Este año el equipo marcó 51 goles en 26 partidos consiguiendo un 65% de rendimiento. En el Torneo de Clausura del mismo año, Sampaoli llevó a José Pedro Fuenzalida, Rafael Caroca y Néstor Bareiro quién sería uno de los goleadores del torneo marcando 16 goles en 19 partidos. La temporada 2015-16 comenzó con la conquista del cuarto título del año, la Supercopa de Europa, ganando por 5-4 al Sevilla en la final. Arsenal obtuvo un nuevo doblete de Liga y Copa en la temporada 1997-98 y un tercero en la 2001-02. Además, el club llegó a la final de la Copa de la UEFA 1999-00 (donde perdió por penales ante el Galatasaray).
En la quinta fecha enfrenta un duelo crucial ante la Universidad de Chile (campeón vigente), donde logra dar la sorpresa venciendo en casa al cuadro santiaguino por 3-0, y cortándole un invicto de 27 partidos invictos como visitante. «Arturo Salah renuncia a Universidad de Chile tras eliminación de los playoffs». El día 28 de junio de 2012, el Club Deportivo O’Higgins juega su primera final en torneos cortos, frente Universidad de Chile. En 1993 llega nuevamente a la liguilla, enfrentando a Universidad de Chile, Deportes Temuco (que venía de eliminar a Universidad Católica, micamisetadutbol en la ronda eliminatoria) y al ganador y clasificado Unión Española. O’Higgins tuvo un buen desempeño en la fase regular del torneo, alcanzando el tercer lugar de la tabla general, detrás de Ñublense y Universidad Católica. Realiza un buen torneo, de la mano del entrenador Roberto Hernández y se ubica en el tercer lugar, en la tabla general del campeonato, accediendo al cuadro final de la liguilla. En primera ronda, Gimnasia y Esgrima de La Plata dejó fuera a los celestes del torneo, luego de un 0 a 0 en Rancagua y un 2-0 a favor del «Lobo» en La Plata.
Llegaron jugadores nuevos al equipo como Andreu Fontàs, Charles Dias, Jon Aurtenetxe, Nolito, Rafa Alcántara, o el regreso de David Rodríguez y Yoel tras sus cesiones. En el capítulo de bajas, abandona el club Nolito, que ficha por el Manchester City por 18 millones de euros, mientras que Álex López, Dejan Dražić y Lévy Madinda se marchan cedidos. Se ficha al delantero Joaquín Larrivey, al medio centro defensivo Nemanja Radoja, al mediapunta Tucu Hernández y a los canteranos del F.C. En la temporada 2014-15 tras la marcha de Luis Enrique al F.C. Se mantuvo el bloque de la temporada pasada, llegando tan solo al equipo Bellvís, Mario Bermejo, Natxo Insa, Oier y Orellana, autor del gol del Granada la temporada anterior. Barcelona llega al banquillo el técnico Eduardo Berizzo, exjugador del equipo. Barcelona B Carles Planas y Sergi Gómez. Miguel Torrecilla deja de ser director deportivo del club, ocupando su cargo Felipe Miñambres.